投稿分類 微生物

主委發表種類: 口頭

投稿標題(中): 使用16SrRNA整體基因醫學來調查某區域醫院的表面生物群

投稿標題(英): Using 16SrRNA metagenomics to investigate the surface microbiota in a regional hospital

投稿摘要: 【目的】 Sanger於1977年研究出鏈終止定序法(chain termination)，這是當時簡單又方便的定序法，同時也是奠定了現今NGS的基礎。此方法為先利用DNA當模板，分別將DNA分成4組同時加入DNA polymerase以及dNTP合成。但由於此定序片段約800bp，片段還需進行載體轉殖入菌體再進行定序，所耗費的成本和人力非常的高，隨著次世代定序(Next Generation Sequencing , NGS) 於2005年出現後，強調是高通量、低錯誤率、低成本、短片斷續列，隨著大量資料所產生的組序及後端方法因應而生，隨著技術逐漸成熟，定序記術由單一基因體邁入整體基因體學並能較快速來進行短序列片段(Short Reads)的定序。
【方法】 對加護病房區域內五處地點共分3次採檢，收集了74個樣本，利用NGS各個分析步驟首先將待測DNA打斷成300-500bp片段，並於兩端接上adapter。接著將以接上adapter的片段，loding到表面帶有互補adapter序列的晶片(flow cell)上。然後透過橋式聚合酶鏈鎖反應進行增幅應用16SrRNA整體基因醫學來探討台灣北部某區域醫院加護病房環境的表面生物群的關係，最後loding不同鹼基且標記特定可移除螢光分子的dNTP與反應試劑，重覆進行螢光標記移除與偵測，以達到快速且大量的定序結果。將每個純化的環境採樣樣本每管取200ng的濃度集結成1管送至源資生物科技股份有限公司定序後再進行數據分析。
【結果】利用16SrRNA整體基因醫學分析所有樣品中的微生物排名前五大菌屬分別為Acinetobacter(0.1-98.3％)方法、Sedminibacterium(0.0-51.9％)、Stenotrophomonas(0.0-35.9％)、Delftia (0.0-19.9％)、Porphyromonas (0.0-19.2％)視為最豐富的菌屬，其餘如表列。
【結論】 經過此次在16SrRNA整體基因醫學操作完的結論在於其方便性，可以不用經過培養及分離來進行一連串的培養及鑑定過程就可以得到結果。優點為可以分析到一些無法在實驗室培養的微生物群，但缺點為只能培養到菌屬，只有少數能分析到菌種。所以若拿來做為先驅評估哪些菌象是偏多後，再朝那方向發展及進行是是不錯的選擇。此次環境環境採檢發現很多院內常見分離菌屬，如何採取有效的清潔和消毒環境的方式，也是院內感染該重視的一環。

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